《孤岛危机2》在游戏内容上与一代也有很大变化，已经从秘密的丛林作战转向了公开、大规模的现城市战争。故事发生在距一代3年后的Telegram消息删除后的恢复方法2023年。外星人在地球上的大片区域挑起了战争，各大城市都遭到攻击，如何在Telegram中使用消息筛选人口锐减，玩家将要进行捍卫地球的末日战争。

孤岛危机2将不同于原作，原作中调查了神秘的陨石后，最后美军舰队全数击沉，主角诺曼携科学家海伦娜逃离之后，外星人入侵了世界的Telegram文件压缩与解压缩各个地点，并极大的改变了环境，幸存的人类不得不联手起来对抗入侵者。

孤岛危机2的Telegram与Skype的对比分析主战场因此改变至纽约，同时更有神秘势力Crynet出现，孤岛危机2的世界将比起原作更加的凶险和刺激。

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